卵形鲳鲹参考单倍型数据库简介

为支撑卵形鲳鲹的分子选育工作，构建了首个高质量卵形鲳鲹参考单倍型数据库，共收录 12,979,419 个高质量SNP位点，覆盖密度达 15.6–20.5 SNPs/Kb， 每个群体样本均提供了大量的特异性SNP和具有代表性的多态性位点，可用于群体溯源、分子标记开发及高效SNP筛选。参考单倍型数据库为高通量、低成本的卵形鲳鲹品种选育提供了丰富的遗传信息基础。

群体结构与遗传多样性分析

本平台对南海三大卵形鲳鲹主要养殖区域（海南、广西、广东）的代表性种质样本开展了群体结构与遗传多样性研究：

• 群体结构分析显示，三个区域样本可划分为3至4个遗传亚群，遗传背景分化明确；
• 遗传多样性评估结果表明，各区域群体的近交系数较低，海南与广西群体表现出更丰富的遗传多样性，具有重要的种质资源开发潜力。

填补流程与低成本育种

平台确定了适用于卵形鲳鲹的最优基因型填充流程（Shapeit + Glimpse2）。 模拟分析结果表明，1X测序深度填充的数据与真实基因型的一致性可达 95.8%以上，在保证预测准确性的前提下显著降低育种测序成本的同时，提升了大规模育种的可行性。