将孟德尔随机化理论引入水生生物育种中，推断出卵形鲳鲹外部表型与抗眼点淀粉卵涡鞭虫（AO）性状之间存在着正向因果关系。在基于全基因组选择（GS）模型的分析中，等距选点50 K的SNP条件下的Bayes Lasso模型预测抗AO性状的准确率最高，应用分级分类性状后预测的基因组育种值10折交叉验证的准确率可达到0.538。在确定Bayes Lasso为抗AO最佳模型的基础上，构建并验证了与抗AO性状适配的精准育种体系策略。将GWAS显SNP位点及外部表型作为固定效应纳入模型后，预测准确率再次提升了23%，最终达到0.753。